Im September 1962 folgte die Konzertreihe Fluxus - Internationale Festspiele Neuester Musik bestehend aus 14 Aufführungen im Hörsaal des Städtischen Museums in Wiesbaden, die als erste Fluxus-Veranstaltungen angesehen werden. Die wichtigsten Teilnehmer waren neben Maciunas Nam June Paik, Dick Higgins, Wolf Vostell, Emmett Williams und die Komponisten Karlheinz Stockhausen und John Cage. Darauf fanden 6 Konzerte in der Nikolai-Kirche in Kopenhagen und sieben Konzerte am Centre American des Artistes in Paris statt. Im Februar 1963 veröffentlichte er das Fluxus-Manifest. Im gleichen Jahr stießen die Künstler Ben Vautier, Daniel Spoerri, Robert Filliou, Joseph Beuys, Willem de Ridder zur Fluxus-Gruppe.

Nachdem ihn die US-Army wegen häufiger Krankheit entlassen hatte, kehrte er im September 1963 nach New York zurück. Ab 1965 traten die Veranstaltungen in den Hintergrund, stattdessen fertigte Maciunas zahlreiche Multiples und Fluxus-Publikationen an. Im Jahr 1966 gründete Maciunas die Fluxhouse Cooperative Building Projects, eine gemeinnützige Kooperative zur Finanzierung von Lofts in SoHo. Er kaufte hierfür mehrere Häuser in New York mit dem Ziel Künstlern, Filmemachern und Tänzern zu helfen, adäquate Arbeits- und Lebensräume zu vermitteln.

1975, nachdem er von einem Handwerker angegriffen wurde, wobei er ein Auge verlor, zog er nach New Marlborough, Massachusetts. Im Sommer 1977 erkrankte Maciunas an Krebs. Im Februar 1978 heiratete er die Dichterin Billie Hutching. Einen Monat später starb er am 9. Mai im University Hospital in Boston.